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提取GMX轨迹中两个group之间的静电和范德华相互作用

发表于 2018-02-01 | 分类于 gromacs

使用Gromacs进行分子动力学模拟之后，有时我们需要从轨迹文件中提取两个group之间的静电和范德华相互作用，可以使用如下方法：
下面以计算128号残基和228号残基之间的相互作用为例，介绍本人曾尝试过的三种方法及遇到的问题。

发表于 2017-12-21 | 分类于 linux基础

今天编译软件的时候，遇到如下报错：

1 2	/bin/ld: cannot find -lsqlite3 collect2: error: ld returned 1 exit status

后来在网上查找到是与gcc的-L和-l选项有关，故搬运记录于此。

发表于 2017-12-10 | 分类于增强采样

通常，在aMD完成之后还需要对得到的反应坐标的分布进行reweighting，从而得到无偏的自由能估计。

发表于 2017-12-07 | 分类于增强采样

传统的分子动力学模拟时间尺度一般在数百纳秒，难以捕捉到动辄在微秒甚至毫秒尺度说方能观测到的生物过程。本教程便是通过在Amber中使用aMD来研究BPTI在微秒尺度上的构象转变，并与DE Shaw发表的毫秒尺度的常规动力学进行比较。

发表于 2017-11-09 | 分类于增强采样

在分子动力学模拟中，精准的力场和高效的采样始终是研究的热点问题。aMD(accelerated molecular dynamics，加速分子动力学)便是由UCSD的McCammon group提出的一种增强采样的方案。

发表于 2017-10-31 | 分类于 cc

　　Bio3D是一款依托于R语言的工具包，能够分析生物大分子的序列，结构和模拟结果等数据。本文将记录Bio3D中”md”这个demo的运算流程。

发表于 2017-10-31 | 分类于 cc

　　常见的分子动力学模拟软件包括Amber，Gromacs，Namd，openMM等，不同软件运行之后产生的轨迹文件格式不尽相同，而某些分析模块则只能处理特定格式的轨迹文件，因而需要一款足够稳健的工具来转换不同的文件格式，比如mdconvert。现将其使用方法记录于下，以作备忘：

发表于 2017-10-12 | 分类于 R

R是统计学中常用的分析和画图工具，Bio3D等轨迹处理软件需要预先安装R。然而在服务器集群上安装R-3.4.2时，会遇到软件缺失或版本过低等问题。故将科学网上的一篇博客里介绍的方法搬运至此，以作备忘。

发表于 2017-08-02 | 分类于 cc

　　进行分子模拟时，通常会使用Pymol，VMD等软件进行可视化。相较于VMD，Pymol更容易入门，同时在网上也能找到大量的Pymol教程。入门之后，我们必须学会Pymol的命令行操作，一方面提高了工作效率，另一方面也能够更加全面的利用到Pymol丰富、完善的功能。

发表于 2017-07-29 | 分类于 cc

在基于结构的药物设计中，一个重要步骤是预测蛋白的结合位点。PlayMolecule平台提供了一个在线工具DeepSite能够实现这一功能。