进行分子动力学模拟之前为小分子加氢

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使用autodock (vina) 对接之后，小分子只保留了极性氢(由对接软件猜测的)，而碳上面的氢原子并未保留。而进行MD又需要小分子上的所有氢原子，故需要将小分子上面的氢原子补全。
已知的方法如下：

  1. 直接使用Pymol/Chimera 的GUI界面，或者对应的命令来加氢
  2. Amber的reduce命令

  3. Amber的anteamber命令中使用.cif文件，按照RCSB PDB数据库中的小分子结构来加氢(小分子一般都是中性)，详见Amber16 page.278

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    antechamber -i components.cif -fi ccif -bk ’02J’ -o 02J.mol2 -fo mol2 -c bcc

  4. Amber的tleap中使用lib文件saveOff loadOff。使用对接之前含所有氢原子的小分子构建lib文件，将对接后小分子中氢原子全部删除，导入之前的lib文件来形成新的pdb文件。详见Using Antechamber to Create Leap Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field

以上方法中前两种使用的是为蛋白加氢的方法，第三种是从PDB数据库中获取晶体(核磁)结构，第四种使用lib文件的方法最为可靠。