SYBYL中优化小分子的构象

  在进行分子对接或者MD之前,一般需要对分子的结构进行优化,可以使用高斯等进行量化计算(通常不需要大的基组),也可以使用力场进行简单优化。
  这里转载科学网上一篇使用 sybyl 进行小分子结构优化的博客:


背景:chemdraw画的2d分子(带有手型信息),通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展(原子和原子的距离太近),再配体准备之前,可以先优化下。

方法:在linux系统下使用sybyl

mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2

把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中

然后再这个rawmol2文件夹下再新建一个文件夹mini,用于存放优化后的分子

在ranmol2文件夹下,启动sybyl,点击file —〉take commands 找到spl文件运行即可


1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
cat > minimize_energy.spl

for mol_name in %dir(*.mol2)
mol2 mult_in m1 $mol_name

MODIFY MOLECULE NAME M1 "$mol_name"

CHARGE "M1" COMPUTE GAST_HUCK ^
CHARGE "M1" COMPUTE GAST_HUCK |
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MINIMIZATION_METHOD POWELL
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!TERMINATION_OPTION GRADIENT
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MIN_ENERGY_CHANGE 0.050
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!RMS_GRADIENT 0.050
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!RMS_DISPLACEMENT 0.001
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!MAXIMUM_ITERATIONS 1000
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!FF_CHOICE TRIPOS
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!PARAMETER_SET Tripos
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!NON_BONDED_CUTOFF 8.000000
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!DIELECTRIC_CONSTANT 1.000000
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!DIELECTRIC_FUNCTION distance
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!REVIEW_HS_AND_LPS REVIEW
SETVAR TAILOR!MAXIMIN2!LIST_TERMS NO
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!ONE_FOUR_SCALING 1.000000
SETVAR TAILOR!FORCE_FIELD!HBOND_RAD_SCALING 0.700000
CHARGE M1 VALIDATE
MAXIMIN2 M1 Electrostatics IGNORE_ELECTROSTATICS Interesting M1(*-(0)) \
Boundary_Conditions IGNORE_PBCS List DONE INTERACTIVE

mol2 mult_out m1 %CAT(mini/ $mol_name)
ZAP M1

endfor

Source: