Analyze NAMD and Amber MD trajectories with Gromacs 4.5

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编译gmx-4.6.5编译不成功,4.5.7可以,5.*并未测试 … :(

GMX在其编译时可选择 link to VMD libraries,进而利用vmd读取轨迹文件,故不需再进行轨迹的格式转换。

需要:

  1. 添加环境变量(编译之前和使用之前)

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    export VMD_PLUGIN_PATH=/path/to/vmd-1.9/plugins/LINUXAMD64/molfile/
  2. 编译之前修改CMakeLists.txt文件

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    设置 GMX_USE_PLUGINS 为 ON (gmx-4.5.7不需要修改,其与4.6.5文件内容不同)

完成后能够打开 DCD 文件,但 Netcdf 文件无法打开(vmd会根据后缀名进行判断),需要将后缀由 .nc 修改为 .netcdf。

对于不需要tpr文件就能使用的gmx分析工具,现在就可以直接使用了,因为gmx现在能够像vmd一样读取轨迹文件了,比如:

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trjconv -f trajectpry.dcd -s file.pdb 

g_rms -f traj.dcd -s ref.pdb

trjcat -f *.dcd *.dcd *.dcd -o traj.xtc # If your trajectory is composed by moltiple files, you must concatenate them using:

trjconv -f traj.dcd -t0 0 -timestep 2 -o traj_with_timestep.xtc # Usually, the time of the different frames is 0 so you should change the time for each frame running trjconv on trajectory.xtc

而对于需要 tpr文件作为输入的工具(比如需要tpr中的particle charges and masses等信息),则可使用VMD的 topotools plugin来将psf和pdb文件转化为一个”faked” .top文件(topo writegmxtop myfile.top),再用此来形成新的tpr文件(此tpr文件不能用来做模拟,但是足以用来进行分析)。
通常,还可以借助 editconf实现 .top到 .tpr的转换