进行分子动力学模拟之前为小分子加氢

使用autodock (vina) 对接之后,小分子只保留了极性氢(由对接软件猜测的),而碳上面的氢原子并未保留。而进行MD又需要小分子上的所有氢原子,故需要将小分子上面的氢原子补全。
已知的方法如下:

  1. 直接使用Pymol/Chimera 的GUI界面,或者对应的命令来加氢
  2. Amber的reduce命令
  3. Amber的anteamber命令中使用.cif文件,按照RCSB PDB数据库中的小分子结构来加氢(小分子一般都是中性),详见Amber16 page.278

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    antechamber -i components.cif -fi ccif -bk ’02J’ -o 02J.mol2 -fo mol2 -c bcc
  4. Amber的tleap中使用lib文件saveOff loadOff。使用对接之前含所有氢原子的小分子构建lib文件,将对接后小分子中氢原子全部删除,导入之前的lib文件来形成新的pdb文件。详见Using Antechamber to Create Leap Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field

以上方法中前两种使用的是为蛋白加氢的方法,第三种是从PDB数据库中获取晶体(核磁)结构,第四种使用lib文件的方法最为可靠。